质粒图谱读取管理器 Alpha 0.1.2 图文说明书

序号对应

1. 顶部导入区：选择文件、选择文件夹、导入勾选项、全选预读、清空预读。
2. 预读结果区：显示当前预读了多少个图谱、勾选了多少个、总体积多大。
3. 文件管理入口区：导入后的目录树和待打开文件都会落到这里。

正确用法

1. 先做预读，不要急着直接打开。
2. 确认候选文件没问题，再点“导入勾选项到文件管理”。
3. 进入文件管理后再决定真正要打开哪些图谱。

序号对应

1. 文件管理子选项卡入口。
2. 检索输入框：支持按图谱名、引物名、Feature 名、DNA 序列切换检索模式。
3. 打开按钮：在第一次打开之后，会切换到“只打开新勾选的图谱”逻辑。
4. 文件树主体：显示目录层级、状态标签、是否已打开以及文件大小。

这个页面能解决什么问题

• 从大量图谱里只挑一部分进入分析页。
• 快速筛出完整载体或疑似片段。
• 根据一段 DNA 序列反查可能命中的图谱。

序号对应

1. “按Feature分类”子选项卡入口。
2. 筛选控制区：最小出现图谱数、Feature 检索、Feature 亚型筛选、是否仅含完整载体图谱。
3. Feature 快速标签区：点击某个标签后会把对应 Feature 置顶聚焦。
4. 多级目录树：按“亚群 -> Type -> Feature -> 图谱”组织结果。

亚型含义

• 载体标志：如 ori、AmpR、AmpR promoter、f1 ori。
• CDS型：多数实例被 ORF 预测支持。
• NC型：多数实例不落在 ORF 中。
• 混合：不同图谱上的支持情况不稳定。

序号对应

1. 当前图谱选择器。
2. 摘要卡片：长度、拓扑、Feature 数、Primer 数、载体识别。
3. 分析主标签栏。
4. 逐图谱整理入口。
5. 引物总览入口。

适合什么时候用

• 看一张图谱自带的引物清单。
• 准备做单图谱 PCR 产物计算。
• 先确认当前图谱状态，再切到其它分析标签。

序号对应

1. 合并列表模式入口。
2. 参与合并的图谱选择区。
3. 全选图谱按钮。
4. 引物总览子页入口。
5. 合并后的引物表。

推荐工作流

1. 先把一个项目相关图谱都打开。
2. 进入合并列表并全选图谱。
3. 快速确认哪些引物是通用的，哪些只在某个构建中出现。

序号对应

1. 单一图谱模式入口。
2. Feature 单图谱区标题。
3. 环形 Feature 图。
4. Feature 详情表。

你会在这里做什么

• 核对某张图谱的模块结构。
• 检查 Feature 注释的命名和类型是否合理。
• 配合文件管理页的批量归类结果，回看单个图谱细节。

序号对应

1. 自选规划入口。
2. 目标 Feature 选择区。
3. 方案选择器。
4. 图谱切点示意。
5. 候选方案表。

这个页面的价值

• 快速找出能完整切下目标模块的酶组合。
• 直接看到“切下片段多大、线性化载体多大”。
• 对多位点酶给出明确提醒，避免误选切点。

序号对应

1. 序列检索输入框。
2. 同源臂引物设计入口。
3. 序列主视窗。

从这里可以继续做什么

1. 拖选序列后进入标准引物设计。
2. 点击“同源臂引物设计”走双端点标记流程。
3. 把选区直接送入“序列溯源”。

序号对应

1. 目标区间起点输入。
2. “设计引物”按钮。
3. 候选结果中的“定位产物”按钮。

常用操作逻辑

• 先定目标区间，再设上下游搜索、产物长度和 Tm / GC 约束。
• 结果出来后，可以定位产物，也可以导出到引物总览。
• 普通引物设计与同源臂引物设计是两套独立规则。

序号对应

1. 参考图谱选择器。
2. 运行 Align 按钮。
3. Align 结果区。

适用场景

• 比较两个近缘构建的插入 / 缺失 / 替换。
• 看模板和最终产物是否在目标区段一致。
• 做“同源区段定位”而不是正式序列发表级比对。

序号对应

1. 谱系根图谱选择器。
2. 复制谱系变更日志按钮。
3. 谱系边表中的快速查看入口。
4. 当前选中边的详细摘要。

这个页面输出什么

• 父版本 -> 子版本的边表。
• SNP、插入、缺失和长度差摘要。
• Notes 中的 Created / LastModified / CreatedBy 历史字段。

序号对应

1. “直接使用已打开图谱序列作为查询”开关。
2. 提交官方 BLAST 检索按钮。
3. 结果整理方式选择器。

推荐做法

1. 如果只是排查来源，优先直接勾选已打开图谱作为查询。
2. 只有在确有必要时才提高命中条数，避免等待时间过长。
3. 若后续要在本软件内继续对齐，提前选好 Align 目标图谱。